Existant dès le XIIIème siècle, le village a une tradition rurale. C'est en 1522 que le lieu-dit La Malmaison est définitivement rattaché à Amagney. Pays de vignes, il devient celui des arbres fruitiers et de la mirabelle en particulier à la fin du XIXème siècle suite à l'épidémie de phylloxéra. La petite prune jaune est d'ailleurs fêtée chaque année le dernier dimanche du mois d'août.