C’est « au pays du buis » que s’est implantée Boussières, issu d’une ancienne buxaria latine (lieu planté de buis).

La découverte de deux bracelets de l’âge du bronze, visibles au musée de Besançon, font de la commune l’un des lieux les plus anciennement habités de la région.
Pièces romaines, présence burgonde, cimetière mérovingien y ont aussi été mis à jour.
Le village, presque entièrement détruit par un incendie en 1548, a pourtant gardé son église, dont la présence est attestée dès le XIe siècle.
Boussières perd quelques années son titre de chef-lieu de canton au profit de Byans, au moment de la Révolution.
La Papeterie installée dans la commune en 1883, qui employait alors 235 ouvriers, fit doubler le nombre d’habitants. Sa haute cheminée témoigne d’une activité toujours importante.

Plusieurs commerces et services, des artisans et une importante entreprise de précision mécanique, la création de plusieurs lotissements expliquent l’essor démographique de Boussières.

Points de vue (Notre Dame du Mont, Peu Dessus et Mont Gardot), parcours VTT et sentiers pédestres (GR59 et 59 A) permettent d’apprécier la variété des paysages.